W Dolinie Baryczy i jej sąsiedztwie utworzono lub zaplanowano utworzenie aż 12 ostoi należących do sieci Natura 2000, które mają ochronić różne elementy przyrody regionu
Wspólne dobra Unii
Europejska sieć obszarów chronionych Natura 2000 to nowa forma ochrony przyrody, realizowana we wszystkich krajach członkowskich Unii Europejskiej. Głównym celem tego systemu obszarów chronionych jest zachowanie nie tylko najrzadszych składników europejskiej przyrody, ale również zapewnienie ciągłości trwania charakterystycznych i wciąż rozpowszechnionych siedlisk przyrodniczych naszego kontynentu.
Sieć Natura 2000 składa się z dwóch rodzajów ostoi. Są to obszary specjalnej ochrony ptaków (OSO) oraz specjalne obszary ochrony siedlisk. Podział ten związany jest z dwoma głównymi aktami prawnymi, stanowiącymi prawną podstawę funkcjonowania Natury 2000. Dyrektywa Ptasia z 1979 roku traktuje o ochronie gatunków dzikich ptaków, natomiast Dyrektywa Siedliskowa z 1992 roku zajmuje się ochroną siedlisk przyrodniczych oraz gatunków flory i fauny z wyjątkiem ptaków.
Na obszarach należących do sieci Natura 2000 panują inne zasady, niż w obrębie tradycyjnych form powierzchniowej ochrony przyrody, istniejących na obszarze Polski (takich jak parki narodowe czy rezerwaty przyrody). Dozwolone jest tu prowadzenie dowolnego typu działalności (gospodarczej, rolnej, leśnej i innych) i przedsięwzięć, pod warunkiem że nie prowadzą one do pogorszenia stanu siedlisk przyrodniczych i siedlisk gatunków, dla ochrony których wyznaczono dany obszar Natura 2000, ani do innych form negatywnego oddziaływania na chronione elementy przyrody. W wyjątkowych przypadkach prawo dopuszcza realizację przedsięwzięć nie spełniających wymienionych wymogów. Dzieje się tak w przypadku zaistnienia tzw. nadrzędnego interesu publicznego, oraz pod warunkiem wykonania działaś kompensujących, zapewniających spójność sieci Natura 2000.
Największą ostoją Natura 2000 w Dolinie Baryczy jest SOO "Ostoja nad Baryczą". Obszar ten zajmuje powierzchnię 82026 ha i niemal całkowicie pokrywa się z Parkiem Krajobrazowym "Dolina Baryczy". Teren ostoi zajmuje mozaika stawów rybnych, łąk zalewowych i wilgotnych, pól uprawnych i lasów, poprzecinanych ciekami, wzdłuż których zachowały się liczne fragmenty olsów i łęgów. Ostoja jest bardzo ważna dla zachowania bioróżnorodności niżowej części południowo-zachodniej Polski. Stwierdzono tu występowanie co najmniej 14 typów siedlisk chronionych z Załącznika I Dyrektywy Siedliskowej oraz 14 gatunków zwierząt z Załącznika II tej dyrektywy.
Kilka większych i mniejszych kompleksów stawowych wraz z otaczającymi je szuwarami, łąkami i lasami obejmuje swoimi granicami OSO "Dolina Baryczy" (powierzchnia 55516 ha). Stwierdzono tu występowanie co najmniej 20 gatunków ptaków z Załącznika I Dyrektywy Ptasiej, m .in. bielika, żurawia, podgorzałki, bąka i zielonki.
W środkowej części Doliny Baryczy położone są trzy mniejsze ostoje siedliskowe (SOO). Najmniejsza z nich to SOO "Chłodnia w Cieszkowie", obejmująca dużą XIX-wieczną piwnicę wraz z otaczającym lasem (łącznie 19 ha). Jest to ważne zimowisko dwóch gatunków nietoperzy z Załącznika II Dyrektywy Siedliskowej - mopka i nocka dużego. SOO "Leśne stawki koło Goszcza" (niecałe 112 ha) to najważniejsze na Dolnym Śląsku miejsce reintrodukcji żółwia błotnego. Z Parkiem Krajobrazowym "Dolina Baryczy" od południa sąsiaduje SOO "Skoroszowskie Łąki" (1360 ha), który chroni kompleks użytkowanych kośnie łąk trzęślicowych i świeżych z fragmentami muraw napiaskowych. Ostoja ta ma ważne znaczenie dla ochrony 4 gatunków motyli z Załącznika II Dyrektywy Siedliskowej - czerwończyka nieparka, modraszków telejusa i nausitousa oraz ostatniego stanowiska przeplatki aurinii w Dolinie Baryczy.
Ponadto w obrębie zlewni Baryczy przynajmniej częściowo położonych jest 7 innych ostoi Natura 2000. Są to OSO "Łęgi Odrzańskie" i "Dąbrowy Krotoszyńskie" oraz SOO "Dąbrowy Krotoszyńskie", "Dolina Łachy", "Dolina Dolnej Baryczy", "Łęgi Odrzańskie" i "Wzgórza Warzęgowskie".
źródło: kruk owski M. 2009. Obszary Natura 2000 w zlewni Baryczy. w: kruk owski M., Drabiński A. (red.) Ochrona przyrody w Parku Krajobrazowym "Dolina Baryczy". Stan obecny - zagrożenia - perspektywy. Uniwersytet Przyrodniczy we Wrocławiu, Instytut Architektury Krajobrazu, Wrocław.